A Unidade Materno Infantil do Hospital das Clínicas (HC II) atende nas especialidades de Pediatria, Ginecologia e Obstetrícia. Unidade de Terapia Intensiva (UTI) Neonatal também é disponibilizada para a assistência a bebês prematuros.

O título de "Hospital Amigo da Criança", em 2002, confere à unidade um status de referência no que diz respeito ao atendimento da mãe e do bebê, seguindo o que determinam as diretrizes do Ministério da Saúde. Estímulo à amamentação e a iniciativas que façam com que o afeto entre mãe e bebê comece a ser trabalhado desde o nascimento são algumas das ações efetivas neste processo.

A Brinquedoteca é fundamental na recuperação das crianças internadas na unidade, já que proporciona momentos de recreação e faz parte do processo de humanização implantado há algum tempo no hospital.

O projeto Viva e Deixe Viver vem sendo desenvolvido por voluntárias que dedicam parte dos seu tempo para conversar e contar histórias infantis às crianças atendidas pela unidade.

Para a criança não perder o contato com a escola e continuar desenvolvendo atividades mesmo internada, a classe hospitalar garante o acompanhamento pedagógico às crianças atendidas na Unidade Materno Infantil.

O HC II atende urgências e emergências e abrange ainda o serviço de Saúde Mental e o Instituto de Olhos de Marília (IOM).