O Pronto-Socorro do Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina de Marília é um centro de referência para atendimento de Urgência e Emergência para Marília e região (DIR-XIV), com uma área de abrangência de aproximadamente 800 mil habitantes. Com uma equipe multiprofissional composta por médicos, enfermeiros, auxiliares de enfermagem, atendentes de enfermagem, assistentes sociais e recepcionistas, além de profissionais de outras áreas (limpeza, manutenção, nutrição, porteiros), o Pronto-Socorro presta assistência de qualidade e oferece estágios curriculares para o cursos de Medicina e Enfermagem, para a residência médica e estágios extra-curriculares para instituições conveniadas.
Dentro da área médica conta com plantão presencial nas especialidades clínica/cirúrgica, psiquiatria, ortopedia, pediatria e ginecologia/obstetrícia, e plantão hospitalar de Cirurgia Geral. Em disponibilidade, várias especialidades cirúrgicas e clínicas. Como retaguarda, dispõe de Serviço de Diagnóstico por Imagem e Laboratório nas 24 horas. A sala de emergência do Pronto-Socorro, devidamente equipada, funciona como "vaga zero" para o SAMU-192 e para a Central de Regulação Médica DIR-XIV. Conta com o Serviço de Acolhimento e Triagem para Urgências, com melhoria na qualidade da recepção, atendimento e direcionamento do atendimento destes pacientes. Com isso, o Pronto-Socorro se consolida na posição de referência SUS para atendimento de Urgência e Emergência e como pólo formador de recursos humanos na área.