A Secretaria de Pós-Graduação é responsável pelos registros acadêmicos dos estudantes de cursos de pós-graduação da FAMEMA: Stricto Sensu, Programas de Mestrados Profissional e Acadêmico e Lato Sensu, Programas de Residência Médica e Multiprofissional e Curso de especialização em psicoterapias. Tem por atribuições o gerenciamento dos processos de matrículas dos programas, orientações à comunidade interna e externa e a expedição de documentos aos estudantes e egressos. Além disso, tem por objetivo apoiar a coleta de dados e preenchimento dos sistemas da Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior – CAPES, Comissão Nacional de Residência Médica, Comissão Nacional de Residência Multiprofissional e demais órgãos reguladores dos programas de pós-graduação.